洁净空调系统要控制的参数是洁净室内的温度、湿度，正负压值及洁净度。
1．温度
洁净室的温度是由工艺设计根据工艺的需要提出洁净室内的温度基数和精度。如电子工厂的洁净室，室内温度基数一般在22～24℃，比舒适性空调要低得多，而且精度要求又很高，一般在±0.5～±1℃之间。另外工艺设备的发热量又比较大，生产工艺多变化，造成设备发热量变化也很大，也就是说，影响室内温度的扰量很大。洁净空调系统的特点是送风量是根据洁净度的要求确定的，一般情况下，送风量是不变的，为了满足上述特点，洁净空调系统设计是采用定风量变送风状态点的控制形式。另一个特点是，由于送风量比较大，所以洁净室内的温度梯度差就相应的比较小，一般温度传感器可设置在回风口或回风总管内。若洁净室内温度精度要求高，采用电加热器进行微调也是常用的方法。
2．湿度
洁净室内的湿度也是根据生产工艺的要求而确定的，如电子工厂洁净室，一般要求室内湿度基数为40％，但又不能太低，如果湿度太低，容易产生静电。另一个特点是工艺设备发湿量很小，主要发湿量人员发湿量，洁净室内人员不会太多，所以热湿比线多大于5000，几乎是垂直的。发湿量的最大扰量就是新风。室外空气的含湿量变化还是比较大的，若在新风进入洁净空调系统之前就将其湿度控制住，那洁净室内的湿度控制相对来说就比较容易了。所以新风的空气处理状态要定在热湿比线和90％的相对湿度线的交点上，那还有一部分的余湿就要由处理循环空气的表冷器来承担。这就要求循环空气表冷器的进水温度要低于循环空气的露点温度。也就进入处理循环空气表冷器的进水温度就很低了，有时候就不能满足去湿要求。所以在新风处理前装去湿装置是常用的方法。
3．洁净度
一般在洁净空调系统设计时所讲的洁净度都是指静态或空态下的洁净度。而实际情况是工艺设备和工作人员是造成洁净室内洁净度下降的主要因素。所以规范洁净室内人员动作和穿着严密的洁净服是很必要的。同时还要对洁净室内的洁净度要随时的检测，若发现洁净室的洁净度下降要立即报警，排除造成洁净度下降的因素。所以洁净室内的洁净度监测是自控系统的一个重要环节，在洁净室运行管理中这叫动态监测。
4．正压值的控制
洁净室内一般都有正压的要求，而且随着洁净度的级别高低，正压值也随着有高低。而工艺排风的变化和管理不善、门窗关闭不严是造成洁净室正压值变化的主要原因，那就必须对不同级别的洁净室有压差监测和压差控制措施。
5．易燃、易爆、有毒有害气体的浓度检测
洁净室内因生产工艺的需要会用到易燃、易爆的气体和对人体有伤害的气体，对于这些气体的浓度必须要随时检测，当检测到其浓度超过规定值时，应立即启动事故排风并报警，这些启动事故排风风机和报警的设计也是由自控专业来完成。
6．洁净空调系统节能措施
在洁净空调系统设计时就要贯彻节能的理念，要有节能的措施。当洁净室内温度、湿度、洁净度、正压值的参数确定后，选择最合理可靠的空气处理过程，严格控制各个状态点参数。这就要有自控手段来保证，尤其是动态管理自控显得更为重要。因为室外空气参数是一直在变化的，室内生产工艺也是变化的，但是对洁净室内的空气参数要求是控制在一定范围内变化，这就是控制精度。传感器的选择和设置、执行机构的选择和设置，这都是自控的关键。如要控制洁净室内的温度，温度传感器设置在室内，还是设置在回风总管内；若设置在洁净室内，设置在哪里、设置多少个传感器、如何取温度值、控制的方法是改变一、二次回风比例、还是改变表冷器或加热器的水温、水量，这些问题都要有空调专业的设计人员和自控专业的设计人员密切配合制定方案。另外运行管理的节能和降低运行成本，没有自控的手段也是难以实现的。
