洁净空调系统和一般空调系统比较，在冷、热加湿源的选择上是有区别的，因为洁净空调系统的温度、湿度、洁净度的参数是根据生产工艺的需要提出来的，因此在冷、热加湿源的选择时以满足生产工艺的需要为前提，再根据工程所在地的具体情况进行比较，选择比较经济、高效的制冷机、加热形式和加湿的形式。
冷源有电制冷冷水机组、溴化锂吸收式制冷冷水机组、直接蒸发式制冷机组和天然冷源（免费冷源）。
1．电制冷冷水机组的压缩机有往复式（活塞式）；螺杆式：分单螺杆、双螺杆；离心式：有单级离心式、三级离心式和双机头组合式；涡旋式：有单机头和多机头模块式等。电制冷冷水机组的冷却方式分水冷和风冷两种。
在选择那种形式的电制冷机时要根据工程所需的冷量大小、制冷机的效率等因素。电制冷机的制冷剂有多种可选择，尽可能地选择高效、环保的制冷剂。
洁净空调系统选择电制冷的冷水机组，一般情况下要求供、回水的温度为：出水温度7℃，回水温度12℃。当室内设计参数温度和湿度偏低时，要求冷水机组进出水的温度进行调整，由7℃出水温度调整到5℃，回水温度调整到10~12℃。要注意当进出水温度进行调整时，制冷机的制冷量也要进行调整，当出水温度低了，制冷量也降低了。在选择制冷机时要适当放大制冷机的型号，也有采用直接蒸发式制冷形式来满足室内偏低的温湿度要求的做法，就是将蒸发器直接装在空调箱里对空气进行冷却和去湿。这种做法要注意的是，当蒸发器表面湿度低于0℃时会结霜，如果结霜就要有化霜的时间，在化霜期间空调系统的送风温度会发生变化，就不能满足室内的温湿度的要求。直接蒸发式制冷的方式只有在保证蒸发器表面不结霜的情况才可使用。还有一种情况就是洁净室经常有冬季要求供的是冷风，这是因为洁净室很少有外墙和外窗直接作为洁净室的围护结构，因此建筑造成的热负荷的量很小，再加上工艺设备的发热量，形成了冬季要求供冷的情况。而采用电制冷机时，对冷却水的水温除了最高有限制外，对最低也是有限制的。一般情况是最高不超过37℃，而最低的限制各种品牌的机器要求不同，由13℃到19℃，全年运行制冷机全年空气湿球温度低于13℃到19℃的时间很长，此制冷机要启动必须要有措施，使冷却水的水温保证不低于对低水温的限制，如将冷却水供回水管进行旁通，利用制冷机和水泵的发热量对冷却水进行加热或用篜汽、电加热对冷却水进行加温等。
2．溴化锂吸收式冷水机组有燃气、燃油和利用余热、蒸汽、热水的几种形式。溴化锂吸收式冷水机组的制冷效率比较低，当工程所在地有余热可利用，如有火力发电厂的蒸汽尾气等，或者工程所在地电力资源缺乏，而燃气和燃油的资源很充沛，这种情况下选择溴化锂冷水机组是合适的。溴化锂冷水机组在一般情况下出水温度会比电制冷机高一点，近几年随着溴化锂吸收式制冷机制造技术的改进，出水温度也能做得较低。溴化锂吸收式制冷机要保持出水温度稳定而制冷量不下降，需要更好的维护和保养，同时在选择溴化锂吸收式冷水机组时要注意冷却水的出水温度较高，选择冷却塔时要求降温的温差较大，应该选用中温冷却塔。
