洁净室空气洁净度等级应根据生产工艺的特点和要求来确定，并选择合适的气流组织，不同的洁净度等级，不同的气流组织形式的洁净空调系统应分开设置。如有下列情况时洁净空调系统宜分开设置：
1．运行班次不同或使用时间不同的工艺房间不宜分为一个洁净空调系统，这是为了避免不工作的洁净室因和在工作的洁净室是同一个洁净空调系统而不能关闭造成浪费，提高了运行成本，若空调系统分开设置，可将不工作的洁净室只运行值班风机，这样可降低运行成本。
2．生产过程中散发的物质对其他工序、设备会产生交叉污染，对产品质量或操作人员的健康、安全有影响不同工艺的洁净室空调系统应分开设置，这种会造成交叉污染的洁净室在电子工厂、制药厂和各种实验室都有。
3．温湿度基数和精度要求差别大的洁净室空调系统应分开设置，若不分开设置一般情况下都是按基数要求高的、精度要求严格的工艺来确定这会造成工艺对温湿度要求不高的也跟着高了，这不仅初投资抬高，运行费用也会高了。
4．洁净室内工艺发热量相差悬殊的系统应分开设置，因洁净空调系统的送风量是根据洁净度的级别或冷热负荷来确定的，若发热量差异大的，那么发热量小的洁净室需要二次加热才能满足室内的温度要求，造成浪费提高了运行成本。
5．洁净空调系统与一般空调系统应分开设置，因一般空调系统无洁净度要求，空气不需要经过三级（初、中、高）过滤，若合为一个系统，初投资和运行成本都会提高。
6．系统风量过大的洁净空调系统应分开设置。
7．新风量特别大（因工艺排风量大），室内湿度要求高的洁净空调系统，新风独立设置系统，如洁净室湿度要求高而室内发湿量又不大，应在新风处理时就采取除湿措施。
