生物洁净室（BCR Biological Clean room）以空气中的微生物为主要控制对象，但同时对悬浮颗粒物提出控制指标。
生物洁净室与工业洁净室在基本技术上相一致，它实际是先期发展起来的工业洁净室技术在生物净化领域的具体应用。十九世纪中期，英法科学家和医学家针对手术过程的细菌感染采取了对手术创部、处置室、手术室、室内人员、着装、器械等进行消毒的措施，并将其称为洁净室（Clean room），该名词沿用至今，当然其内涵已经有了很大发展。20世纪60年代初，美国工业洁净室的发展进入全盛时期，人们通过测试发现在工业洁净室中，空气中微生物含量同样远低于外界，于是开始尝试利用工业洁净室进行一些要求无菌环境的试验，最早的例子是在一间工业洁净室中对进入太空的狗所进行的手术解剖实验。细菌、病毒、是依附于空气中的液滴或灰尘的，并以此作为生存和传播媒介。控制了空气中的颗粒物也就控制了空气中的微生物。1966年在美国新墨西哥州的Albuguergue市巴顿纪念医院建成世界上第一个“层流式”手术室，这是BCR技术用于医疗事业的最早实例。欧洲大陆最早的“层流式”BCR是1969年建在奥地利里兹市的急救医院。日本在1970年建立了第一个高级别的“层流”洁净手术室。
从20世纪70年代开始，以美国为首的技术先进国家，大规模地将工业洁净室技术引入了防止以空气作为传播媒介的微生物污染控制领域，诞生了现代意义的生物洁净室。
