洁净室的水系统施工包含工艺用水系统、空调用水系统和局部生活用水系统的给水与排水系统的施工与验收。
一、 洁净室给水系统设计
1. 污染区域特别是微生物污染区域内的供水管，不得与用水设备直接相连，必须有空气隔断，配水口应高出用水设备溢出水位，间隔不应小于2.5倍出水口口径。在供水点和供水管路上均应安装压差较高的倒流防止器，供水管上还应设关断阀，供水管上的倒流防止器和阀门应设在清洁区。
2. 洁净区的给水管道应涂上醒目的颜色，或用挂牌方式，注明管道内水的种类、用途、流向等。
3. 生活用水系统不应采用镀锌钢管，可选用给水塑料管、不锈钢管、无缝钢管，工艺和空调给水系统应选用无缝铜管、聚丙烯管、不锈钢管，并应采用焊接或快速接口连接。
二、洁净室排水系统设计
1. 污染区特别是致病微生物严重污染区域的排水管应明设，内壁光滑，并与墙壁保持一定检查维修距离。有高致病性微生物污染的排水管线宜设透明套管。
2. 污染排水管道应有足够的强度和耐腐蚀性能。用化学灭菌的排水管道可用聚丙烯、聚氯乙烯材料。
3. 致病微生物严重污染的排水管道如设有自动阀，应在其前后再设手动阀，阀门安装位置和方式应有采用蒸气和其他气体灭菌条件。
4. 管线布置应符合设计要求。当设计未明确要求时，压力给水管应避让重力流排水管；附件少的管道应避让附件多的管道。
5. 致病微生物严重污染的排水管道上的通气管应伸出屋顶，距站人地面应在2m以上，不要接到清洁区；周边应通风良好，并远离一切进气口。处理排气的高效空气过滤器的安装位置与方式应方便维修和拆换。不同用途房间的排水通气管应各自独立。不得将通气口接入净化空调系统的排风管道。
6. 致病微生物严重污染的排水管的末端应设定期检查水样的采样口，采样口应有严格密封措施。
7. 致病微生物严重污染的排水管道穿墙的地方，应采用不收缩、不燃烧、不起尘的材料密封。
8. 地漏的安装应平整、牢固、无渗漏。地漏顶标高应低于附近地面5mm～10mm。地漏安装后必须先封闭。
三、 洁净室热水系统设计
1. 生活和清洁用热水绝热措施的安装应能维持储存温度不低于60℃，或循环温度在51℃以上的条件。
2. 作为消毒器件用热水绝热措施的安装应能维持储存温度不低于80℃，或循环温度在65℃以上的条件。
3. 冷热水混合用的自动调温阀应安装在出水口处。
